La séparation des déchets à la source, bien que nécessitant des investissements supplémentaires, permet d'homogénéiser les lots de déchets et, par conséquent, de diminuer les coûts de traitement et de limiter les risques inhérents aux mélanges de matières dangereuses.
Les déchets solides doivent être entreposés sur une aire étanche et fiable pour éviter leur entraînement par les eaux de pluie ou leur éparpillement. Le stockage dans des bennes transportables facilite les opérations ultérieures
de collecte et de transport.
Certains mélanges sont dangereux. Ils peuvent provoquer un dégagement de chaleur, des émanations de gaz
toxiques ou être sources d'incendie et d'explosion. Ainsi, le mélange non contrôlé d'un acide et d'une base peut réagir violemment et engendrer un dégagement de chaleur important.
L'enlèvement et le transport des déchets dangereux sont effectués par des entreprises spécialisées car ils nécessitent des précautions particulières. Pour les déchets spéciaux, une signalisation adéquate doit être
apposée sur le véhicule transporteur (plaque signalant la nature des produits transportés et des risques).